肛门上有小疙瘩，是不是尖锐湿疣，要依据临床症状和实验室检查结果来确定。肛门上出现的小疙瘩，如果表面呈现颗粒样、菜花样的粗糙性改变，孤立存在或散在分布，不疼不痒，用手触摸质地焦脆。而做人类乳头瘤病毒全套分型检查的时候，可以发现低危型的六型、十一型或高危型的十六型、十八型，则可以确诊为尖锐湿疣。如果检查为阴性，就不是尖锐湿疣。如果这些小疙瘩呈扁平样凸起，表面有液体分布，还需要做梅毒螺旋体筛查，要与梅毒的扁平湿疣相鉴别。
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