导致小便黄、有异味的原因不同，处理方法也不一样。如果是一些生理因素所导致的小便发黄、有异味，比如饮水过少所引起的尿液浓缩，不会伴有其他的临床症状，也不需要进行其他的治疗，需增加体液多排尿，通常会逐渐好转。如果是泌尿道感染疾病所导致的小便发黄、有异味，一般还伴有排尿疼痛、尿频等异常症状。在确诊以后应当给予抗感染治疗，比如左氧氟沙星、阿奇霉素等，治疗周期一般为1~2周左右，将感染因素消除后小便的颜色以及气味会恢复正常。
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