葡萄球菌感染后，具体选择何种抗生素需要分情况。如果对甲氧西林不耐药，可以应用双氯西林、头孢唑啉、苯唑西林等抗生素治疗。现在临床上存在一定耐药性的葡萄球菌，比如对甲氧西林耐药，由于其耐药性和致病力比较强，对于喹诺酮类以及大环内酯类抗生素可能效果不是很好，可以换成利奈唑胺、万古霉素等，此为经验性抗生素用药原则。在治疗之前尽量进一步完善细菌培养，并且根据药敏试验的结果调整为敏感的抗生素治疗。
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