地衣芽孢杆菌在临床上应用广泛，是一种常用的微生态制。本品可以增加胃肠道有益菌群的数量，调整胃肠道内环境，维持稳态，抑制肠道内的致病菌以及调节致病菌的生长。本品可以用于治疗肠道菌群失调引起的急性腹泻、慢性腹泻、消化不良、胃肠功能紊乱、肠胀气，也可以治疗慢性非特异性溃疡性结肠炎、假膜性肠炎等。本品在贮存的时候，要放在低温环境。使用时也不能用40度以上的温开水。另外本品不能与抗生素同时使用，如果因为临床需要，必须使用抗生素时两者之间必须间隔半小时以上。
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