葡萄球菌肺炎的治疗，以抗生素和止咳、化痰、平喘药物治疗为主，常用的抗生素，包括青霉素类和头孢菌素类药物。随着近几年抗生素的滥用和乱用，很多患者对青霉素类药物产生了耐药性。因此，应根据药敏结果，选择最敏感的抗生素进行治疗。需要注意的是，有一类特殊的葡萄球菌，称为耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌，对于此类感染，则需应用万古霉素治疗。应用敏感抗生素治疗的同时，需要应用止咳、化痰、平喘的药物，如常用的有氨溴索、乙酰半胱氨酸、二羟丙茶碱等药物。
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