金黄色葡萄球菌可以感染相应的组织或器官，从而出现相应的感染性疾病。例如金黄色葡萄球菌感染皮肤和软组织形成疖、痈。还常感染相应的内脏器官，例如感染肺组织可以形成金黄色葡萄球菌肺炎，严重患者还可以形成肺脓肿、胸腔积液、脓胸等。可感染局部的伤口以及泌尿系统形成尿路感染，严重感染者可导致金黄色葡萄球菌脓毒血症。还有少数患者可以出现金黄色葡萄球菌的心内膜炎，少数患者可以出现食物中毒等疾病。当发生金黄色葡萄球菌感染时，要针对其临床症状，完善相应的检查，以明确具体的感染性疾病和感染的程度。
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