华支睾吸虫常发生于肝脏，异位寄生现象少见，可偶发于肺寄生。华支睾吸虫寄生后，可由于阻塞胆管而导致急性胆管炎以及急性胆囊炎。由于肝内胆汁循环障碍，可诱发胆结石。进一步可以形成化脓性梗阻性胆管炎、急性胰腺炎等并发症。由于肝细胞频繁受损以及修复，可导致肝脏内纤维增生，从而诱发肝硬化、原发性肝癌等疾病。华支睾吸虫可偶发于肺部寄生，患者可出现发热、呼吸困难、刺激性咳嗽等症状，一般需要进行粪便寄生虫卵检查以及胸部CT检查，协助诊断。
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