金黄色葡萄球菌感染不能自愈。金黄色葡萄球菌一旦感染机体，特别是感染呼吸系统时，此时病情多较严重，病变进展较快，需要及时诊治。虽然个别病例病情较轻，但也需要积极予以抗感染治疗。金黄色葡萄球菌感染时，如果未及时有效抗感染治疗，往往可以导致严重的并发症，使病情恶化，例如可以形成脓胸、肺脓肿、脓气胸等。部分患者可以出现感染性休克、血压下降，甚至导致多脏器的功能损害。部分严重感染者，还可以形成血行播散性脓肿，病情更加严重，常可以伴有明显的畏寒、高热等症状。故一旦诊断有金黄色葡萄球菌感染，早期予以敏感的抗生素抗炎治疗，特别是耐药菌多选择万古霉素、利奈唑胺、替考拉宁等药物，使感染尽快控制和治愈。
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